蛋白质组学强势来袭

2017-03-06    编辑:诺禾致源

什么是蛋白质组学?

蛋白质组(Proteome)一词,源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个词的组合,
意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。
蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征,
包括蛋白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,
由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生,细胞代谢等过程的整体而全面的认识。

实验设计思路




信息分析流程

平台介绍

iTRAQ定量蛋白组分析

同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ) 技术
由AB SCIEX公司研发的一种体外同种同位素标记的相对与绝对定量技术。
该技术利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团,
经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量,
是近年来定量蛋白质组学常用的高通量筛选技术[1]


实验设计思路

图1 iTRAQ研究方法示意图

典型结果图

图2 KEGG pathway 聚类热图[2]

图3 火山图[3]

Label free定量蛋白组分析

通过对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需昂贵的同位素标签做内标,
通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化[4]

研究方法

图4 Label free研究方法示意图


蛋白质组学定量分析技术比较

蛋白质修饰组学分析

蛋白质发生修饰时其分子质量会发生相应的改变,通过在质谱检测前对发生修饰的蛋白质或肽段进行富集,
然后利用质谱测定蛋白质或多肽的分子质量,从而对蛋白质修饰进行定性和定量分析。

研究方法

1. 修饰位点鉴定分析

图5 修饰位点鉴定分析研究方法示意图

产品类型介绍

2. 定量修饰组学分析

将肽段富集技术与定量蛋白质组分析结合,可进行定量修饰组学分析。

应用领域

参考文献


[1] 

Ross P L, Huang Y N, Marchese J N, et al. Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents.[J].Molecular&Cellular Proteomics, 2004, 3(12):1154-1169.

[2] 

Mertins P, Mani D R, Ruggles K V, et al. Proteogenomics connects somatic mutations to signaling in breast cancer[J]. Nature, 2016, 534(7605):55-62.

[3] 

Marx H, Minogue C E, Jayaraman D, et al. A proteomic atlas of the legume Medicago truncatula and its nitrogen-fixing endosymbiont Sinorhizobium meliloti.[J]. Nature Biotechnology, 2016, 34 (11):1198 -1205.

[4] 

Arike L, Valgepea K, Peil L, et al. Comparison and applications of label-free absolute proteome quantification methods on Escherichia coli[J]. Journal of Proteomics, 2012, 75(17):5437-5448.