10x Genomics 平台全新升级

2017-04-26    编辑:诺禾致源

       2015年2月,10x Genomics公司推出GemCode平台,相比于以超长片段、极高精度而引起广泛关注的GemCode平台,全新升级的Chromium平台在多种应用中的表现更为优异。就DNA而言,该平台可与Illumina平台无缝对接,将其独特的Barcode标记与二代测序短reads完美结合,获得超长linked-reads信息。就RNA而言,可根据其Barcode、UMI信息同时完成数十万个单细胞的转录组测序分析。更强的性能、更广泛的应用以及更低的成本,使10x Genomics再次成为业内关注的焦点。

 

应用方向

       10x Genomics在泛基因组(多个基因组)研究中具有十分重要的应用价值。利用其独有的GemCode技术,低至1ng DNA样本即可完成基因组建库测序,同时Barcode标记的linked-reads信息为组装过程提供精确指导,有效提升了二倍体基因组组装效率,从而大幅降低成本,为动植物泛基因组研究开辟了新的途径,推动了品系特有基因挖掘、性状形成机制解析及物种进化方面的研究进程。此外,利用10x Genomics技术对物种不同亚群的代表性个体进行全基因组组装,并基于组装后的序列开展群体遗传学分析,具有变异信息更全、分析内容更丰富等优势,为揭示物种形成机制、群体进化动态等提供依据,也能对农业育种工作起到重要的指导作用。目前,诺禾致源已在人类泛基因组(Nature Biotechnology,2010)、7种野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology,2014)、欧亚猪组装群体进化(Genome research,2016)等方面取得重要研究成果。

 

       对人类基因组而言,10x Genomics技术能够应用于全基因组及全外显子测序研究。该技术可获得超长片段的基因组信息,分辨>10Mb的单体型块。并且,通过Barcode锚定基因组复杂区域,得到短读长测序无法获得的区域信息,精确鉴定SNV/InDel/SV等变异信息,进而准确发掘疾病与癌症的关键突变,确定其遗传机制,明确致病机理。

 

       单细胞转录组测序是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术,能够将分离的单个细胞中的微量mRNA通过高效扩增后再进行高通量测序,有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题,有助于发现新的细胞类型,并深入了解发育、免疫、肿瘤发展等过程中的调控机制。近年来,已有多种单细胞测序技术及平台应运而生,10x Genomics凭借其高细胞通量、极短项目周期及极低成本脱颖而出。

 

诺禾致源

       诺禾致源专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究和人类健康领域的应用,10x Genomics Chromium™ 平台将使我们在基因组组装、动植物组装群体进化、人全基因组及全外显子测序、单细胞转录组测序的研究中更加得心应手,高质量,准定位,强分析,诺禾致源期待与您的合作。