诺禾致源FFPE样本分析升级,一次解决四大难题

2017-03-09    编辑:诺禾致源

背景介绍

在FFPE样本处理和储存过程中,会导致核酸发生损伤或降解。例如,使用甲醛固定,会随机产生 C-T转化;样本保存时间越长,DNA片段化越严重等。这些都会导致假阳性位点增加,降低变异检出准确性,限制了FFPE这一类珍贵医学样本的应用。

四大困扰

  • 样本降解导致测序Reads比对质量较低

  • 产生较多的Softclip reads

  • 产生较多的Duplication

  • 甲醛固定导致核酸随机产生C-T转化

优化升级

  • 设置更为严格的参数,提高比对质量阈值

  • 去除 Softclip reads,降低异常reads干扰

  • 去除 Duplication,降低低频突变干扰

  • 提取链偏好性突变信息,去除人工引入的C到T突变

适用类型

  • 尤其适用于高深度测序

  • 外显子,推荐200x

  • 目标区域,推荐500x

优化效果

参考文献


[1] 

Munchel S, Hoang Y, Zhao Y, et al. Targeted or whole genome sequencing of formalin fixed tissue samples: potential applications in cancer genomics[J]. Oncotarget, 2015, 6(28): 25943-61.

[2] 

Giannakis M, Mu X J, Shukla S A, et al. Genomic correlates of immune-cell infiltrates in colorectal carcinoma[J]. Cell reports, 2016, 15(4): 857-865.

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Yost S E, Smith E N, Schwab R B, et al. Identification of high-confidence somatic mutations in whole genome sequence of formalin-fixed breast cancer specimens[J]. Nucleic acids research, 2012, 40(14): e107-e107.

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Brastianos P K, Carter S L, Santagata S, et al. Genomic characterization of brain metastases reveals branched evolution and potential therapeutic targets[J]. Cancer discovery, 2015.