转录组测序探索黄瓜果实长度调控机制

2015-12-18    编辑:诺禾致源
RNA测序:探索黄瓜果实长度调控机制
 

研究背景

黄瓜是一种全球性的蔬菜作物,具有重要的经济及营养价值。作为一种新鲜肉质蔬菜,黄瓜收获于开花后的两周左右。开花后,果实迅速生长,最后伸长到最终的长度。这一过程中,细胞分裂和细胞扩张起到至关重要的作用。同时,不同品种的黄瓜在最终长度上也具有很大的差异。因此,黄瓜果实的早期发育对于黄瓜的产量和质量具有重大影响。果实长度作为一个重要的农艺性状,对于黄瓜中控制果实长度的分子机制的研究,具有重大的理论意义和经济价值。

方法流程

样品取材

正常植株与突变株2-4厘米的早期果实

文库类型

提取总RNA 3 μg,构建200 bp的文库

测序策略

Illumina HiSeq 2000 SE100

主要分析

差异表达分析
富集分析

研究结果

1、两个不同长度的黄瓜的基因表达比较 通过差异基因分析,发现了3955个差异基因,其中2368个上调,1587个基因下调。

2、RT-PCR验证转录组 随机选取20个差异基因,其中14个表达量较高,而6个表达量较低,表达变化与转录组数据相符,其中相关性分析R2为0.945,表明转录组数据高度可靠。

3、微管和细胞分裂相关细胞参与果实长度调控。

4、转录因子参与果实长度控制。

 408和409两种黄瓜的果实长度比较

图1  408和409两种黄瓜的果实长度比较

408系果实中低表达基因的130个转录因子家族分类

图3  408系果实中低表达基因的130个转录因子家族分类

GO富集

图2  GO富集

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