16S 测序研究与獭兔便型及体重相关的细菌群落

2015-12-18    编辑:诺禾致源
研究与獭兔便型及体重相关的细菌群落

研究背景

獭兔是一种小型食草类哺乳动物,因其皮毛及肉产品的实用价值而被广泛饲养。獭兔有两种便型:硬型和软型。已有研究表明硬粪和软粪包含的营养物质存在差异,然而,对于其中微生物群落组成还知之甚少。肠道微生物在维持哺乳动物机体健康方面具有重要作用。已有研究表明,肠道微生物同宿主关键功能关系密切,例如肥胖、肠道免疫成熟、营养限制等。因此,我们推测肠道微生物因便型的不同而存在差异,且与獭兔的生长有关。研究目的包括:I.展现并比较獭兔硬粪和软粪中的微生物群落 II.鉴定与獭兔生长有关的细菌物种。

方法流程

样品取材

选取不同雌兔同日产下的80只幼崽,并
区分硬粪和软粪类型,每个类型基于70
天和90天的体重选取轻重各10只兔子,
取第90天的粪便进行后续研究

 
文库类型 PowerFecal TM DNA isolation kit
测序策略 Illumina MiSeq 16S V4区  
主要分析

OTU聚类和分析
α-多样性分析
β-多样性分析
LEfSe分析

 

研究结果

1、獭兔硬粪个体菌群在高低体重组间差异显著,而软粪个体菌群在高低体重组间差异却不显著, 这一发现刷新了人们对獭兔后肠菌群和体重关系的认识(图1)。

2、在硬粪个体中高体重獭兔与低体重獭兔的微生物群落组成有差异,然而在软粪个体中未表现出体重相关的差异。Ruminococcaceae Akkermansia spp.在软粪个体中为优势物种。

3、LEfSe分析寻找显著性差异物种,獭兔硬粪个体显著性差异物种较软粪个体中多。

不同土样中微生物群落及基因丰度

图1   不同土样中微生物群落及基因丰度(取log值)

>> 阅读原文