16S 测序研究小鼠肺癌免疫相关微生物

2015-12-18    编辑:诺禾致源
研究小鼠肺癌免疫相关微生物背景图

研究背景

共生菌作为与生物体共存的“免疫器官“,在维持机体粘膜免疫稳态过程中发挥着极其重要的作用,与多种重大疾病的发生发展关系密切。作为先天和后天免疫系统的桥梁,近年来,越来越多的研究表明γδT17细胞对包括传染性、自身免疫性以及炎症性疾病等在内的诸多疾病均有重要作用。已有研究表明,缺失共生菌的无菌小鼠会出现免疫系统的缺陷,但共生菌在肺粘膜肿瘤免疫监督形成方面的作用还未见报道。

方法流程

样品取材

1. 4至5周大的C57BL/6雌鼠
2. 抗生素处理(Abt)实验组小鼠的水中加

入氨苄青霉素、万古霉素、硫酸新霉素、甲硝锉

文库类型

0.18-0.22g粪便样品提取总DNA
16S V4区PCR扩增

测序策略

Illumina MiSeq PE250

主要分析

OTU聚类和分析
α-多样性分析
β-多样性分析

研究结果

1、抗生素处理导致小鼠粪便中细菌物种组成发生改变,其中厚壁菌门和拟杆菌门的丰度降低,变形菌门丰度升高(图1)。

2、抗生素处理组的小鼠粪便中未发现新的耐抗生素的菌株,因此宿主依赖于共生细菌的防御机制不具有物种特异性。

3、在抗生素处理的小鼠中,肺脏肿瘤易感性与肺脏γδT17细胞功能显著降低密切相关;菌群缺失可导致肺脏组织中IL-6、IL-23等关键细胞因子水平显著降低,这也被认为是影响肺脏γδT17细胞功能的重要因素(图2)。

四种抗生素处理后小鼠肠道菌群结构的变化

图1   四种抗生素处理后小鼠肠道菌群结构的变化

Abt小鼠更易患肺癌的易感性分析

图2   Abt小鼠更易患肺癌的易感性分析

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