转录组测序解析 TDCPP 对四膜虫生长繁殖的抑制作用

2015-12-18    编辑:诺禾致源
转录组测序:解析TDCPP对四膜虫生长繁殖的抑制作用

研究背景

伴随现代化工产业进步,环境中高分子有机化合物残存日趋严重,磷酸三(2,3-二氯丙基)酯(TDCPP)作为阻燃剂,常能够在水体、土壤等自然环境中检出,生物体与TDCPP接触在所难免。其对脊椎动物的毒性已有报道,但在低等生物中的影响尚待研究。

方法流程

样品取材

1μM浓度TDCPP处理5天的作
为处理组;0μM浓度下为对照组

 
文库类型 Trizol提取总RNA
测序策略 IIllumina HiSeq 2000 PE120  
主要分析

表达水平分析
差异基因分析
KEGG富集分析

 

研究结果

1、100、1,000、10,000μM浓度TDCPP处理8小时可显著减少细胞内相关生物量;0.01、0.1、1μM浓度TDCPP处理1天对细胞内生物量无显著影响;1μM处理3天及0.1、1μM处理5天,细胞内的生物量显著减少。
2、RNA-seq分析发现TDCPP处理组与对照组有409个差异基因,其中72个差异基因表达上调,337个差异基因表达下调。KEGG通路分析表明,富集最显著的是核糖体通路相关基因,该通路中有21个核糖体蛋白基因显著下调(图1)。

显著富集的KEGG通路

图1   显著富集的KEGG通路

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