菌株高精度分型:cgMLST-相关材料

2017-03-16    编辑:诺禾致源

致病菌进化速度快,耐药基因变化大,传统分型方式跟不上疫情爆发的节奏,菌株高精度分型cgMLST,以其高精度、高可靠性的分型结果,成为流行病学菌株分型的新标准。 cgMLST,全称为全基因组多位点序列分型(Complete Genome Multilocus Sequence Typing),是多位点序列分型(MLST)的一个拓展方法,与MLST只选择数个保守基因不同,cgMLST以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记。

高分辨率

在多种菌株分型工具中,cgMLST的标记位点最多,密度最高,其对菌株之间的细微变异也更为敏感。与其他常用的分型标记相比,cgMLST的高密度标记,可以将菌株分型鉴定的分辨率拓展到克隆级别,相比16S rDNA的种级别和常规7位点MLST的支系级别,有着极大的提升。

高可靠性

MLST技术,是一种传统的基因分型技术,利用一组7个左右的管家基因对菌株进行分型,目前公开数据库中已经有大肠杆菌、葡萄球菌、克雷伯菌等86种常见细菌和9种真菌的MLST数据,供后续研究作为参照。cgMLST技术以现有MLST数据为基础,在构建核心基因组和分型的过程中,一方面确保已有MLST管家基因存在于核心基因集合中,另一方面要将构建获得的最小生成树同已有数据进行比对,保证分型结果的一致性。严格的确认流程,保证了核心基因集合最终结果的权威性和可靠性。

进行分析

cgMLST数据作用

cgMLST利用高密度的核心基因组作为标记,构建高分辨率的物种分型结果,对于菌种鉴定及流行病学研究而言贡献了大量重要的数据基础,具体包括:提供了目标物种的权威核心基因(core gene)列表对测序菌株进行序列分型和菌种鉴定,对传染病的爆发时间进行解释、预测和印证分析目标菌种的群体结构和遗传进化规律,为疾病的预防和控制提供数据基础。