转录组测序揭示胶质母细胞瘤新融合基因

2015-12-17    编辑:诺禾致源
RNA测序:揭秘继发胶质母细胞瘤融合基因

研究背景

脑胶质瘤由神经上皮细胞恶化演进形成,是成人中枢神经系统中最常见的恶性肿瘤,致死率极高,恶性脑胶质瘤5年存活率仅5%,具有浸润生长、易复发、预后差等特点。根据WHO形态学分类标准,脑胶质瘤分为四个级别和多种类型,其恶性程度不同,常规放化疗的预后差别较大,不同分型以及原发和复发胶质瘤发生发展的分子机制也有所不同,因此亟需发展针对分子病理的新的分型标准,指导临床治疗和个体化医疗,提高病人的生存期和生存质量。

方法流程

样品取材 272个新鲜冻存的患者脑胶质瘤细胞
文库类型 转录组文库
测序策略 Illumina HiSeq 2000 PE100
主要分析 融合基因分析

研究结果

1、利用Illumina HiSeq 2000测序平台对272例WHO II,III,IV级以及复发的脑胶质瘤样本进行转录组测序,发现了214种融合转录本,其中67种为读码框内融合。

 

2、发现并验证了三种重复出现的融合基因,FGFR3-TACC3、RNF213-SLC26A11、PTPRZ1-MET,在另外的192例独立样品中也具有类似的融合发生频率。

 

3、该研究首次报道了一种发生于原癌基因酪氨酸激酶cMET的新的融合基因PTPRZ1-MET (ZM),融合发生的频率约占继发胶质母细胞瘤总数的15%,具有四种不同的融合形式(图1),融合基因在DNA、RNA、蛋白水平上均得到验证。

融合基因在不同癌症样本中的分布

图1  融合基因在不同癌症样本中的分布

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