多重PCR_SNP检测

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HWE 统计

哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则是群体遗传中最重要的原理,该法则指出在一个不发生突变、迁移和选择的无限大的相互交配的群体中,基因频率和基因型频率将逐代保持不变。

LD(连锁不平衡)

LD plot 展示的是位点间连锁不平衡,是位点间 LD 的直观显示,每个 block 包括几个 SNP 或者 Indel 就是连锁不平衡的。

注:颜色越深,位点间的连锁不平衡程度越高。

单倍型分析

Haplotype (单倍型)遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合;通俗的说法就是若干个决定同一性状的紧密连锁的基因构成的基因型。

卡方分析

卡方检验就是统计样本的实际观测值与理论推断值之间的偏离程度,实际观测值与理论推断值之间的偏离程度就决定卡方值的大小,卡方值越大,越不符合;若两个值完全相等时,卡方值就为 0,表明理论值完全符合。卡方值越大,P 值就越小,越显著,一般认为 P<0.05 为差异显著。

逻辑回归(logistic)

logistic 回归主要应用于流行病学研究,比较常用的情形是探索某疾病的危险因素,根据危险因素预测某疾病发生的概率等。通过 logistic 回归分析,可以大致了解哪些因素是致病的危险因素。logistic 回归的因变量可以是二分类的,也可以是多分类的。